აჭარა ძალიან მდიდარია ჰიდრორესურსებით. ფაქტიურად არ არსებობს ადგილი, სადაც რამოდენიმე წყარო და ნაკადული არ მოედინებოდეს. ყველა მათგანი მტკნარი და სასმელად ვარგისია. თითქმის ყველა მდინარე შავ ზღვაში ჩაედინება.

მხოლოდ მდ. ქვაბლიანი მიეკუთვნება კასპიის ზღვის აუზს მდ.მტკვრის საშუალებით. მდინარეთა დიდ ქსელს ქმნის მდინარე ჭოროხი. ჭოროხი აჭარის ტერიტორიაზე 20 კმ–ს მანძილზე მიედინება. მისი მთავარი შენაკადი მდინარე აჭარისწყალია, რომლის სიგრძე 90კმ–ს, ხოლო აუზის ფართობი 1540 კმ2 შეადგენს.

 

თავის მხრივ მდ. აჭარისწყალს ერთვის მდინარეები: სხალთისწყალი, ჩირუხისწყალი, ჭვანისწყალი, აკავრეთა და სხვა.

ასევე აღსანიშნავია კინტრიში, ჩაქვისწყალი და ყოროლისწყალი, რომლებიც არ გამოირჩევიან დიდი სიგრძით, თუმცა უხვი ნალექების გამო საკმაო დიდწყლიანობით ხასიათდებიან. მათი ჩამონადენის მოდული 40–45 ლ/წამს, ხოლო ზღვისპირა ქედების კალთებზე კი 80–90 ლ/წამს აღემატება. აჭარის მდინარეები შეიცავენ ჰიდროენერგიის მნიშვნელოვან მარაგს.

 

 

აჭარაში უმნიშვნელო რაოდენობის ტბაა, რომლებიც არ გამოირჩევიან ზედაპირის დიდი ფართობითა და სიღრმით. მათ შორის ყველაზე დიდია მწვანე ტბა, რომელიც არსიანის ქედის დასავლეთ კალთებზე, ზღვის დონიდან 1800–2000 მ სიმაღლეზე მდებარეობს. ასევე აღსანიშნავია არდაგანისა და ნურიs ტბები.

რეგიონი ასევე მდიდარია მიწისქვეშა და მინერალური წყლების მარაგებით.

მდინარეები აჭარის ტერიტორიაზე მოედინება 16 მდინარე, რომელთა საერთო სიგრძე 402.6 კმ-ს შეადგენს.